۲-۲-۲-۲- صفحه های بتا…………………………………………………………………………………………۳۳
۲-۲-۳- ساختار سوم………………………………………………………………………………………………..۳۳
۲-۲-۴- ساختار چهارم……………………………………………………………………………………………..۳۳
۲-۳- اسیدآمینه………………………………………………………………………………………………………..۳۴
۲-۴- ساختار اسیدهای آمینه……………………………………………………………………………………..۳۵
۲-۵- ایزومری در اسیدهای آمینه……………………………………………………………………………..۳۶
۲-۵-۱- ساختار و نماد تعدادی اسیدآمینه…………………………………………………………………..۳۶
۲-۶- مولکول آب………………………………………………………………………………………………….۴۶
۲-۶-۱- مدلهای آب……………………………………………………………………………………………….۴۶
فصل سوم: دینامیک مولکولی
۳-۱- مقدمه…………………………………………………………………………………………………………………۵۱
۳-۲- معادلات حرکت………………………………………………………………………………………………….۵۳
۳-۳- دینامیک نیوتنی………………………………………………………………………………………………….۵۴
۳-۴- شرایط مرزی تناوبی…………………………………………………………………………………………..۵۶
۳-۴-۱- اثرات سطحی……………………………………………………………………………………………….۵۶
۳-۴-۲- از بین بردن اثرات سطحی……………………………………………………………………………..۵۷
۳-۵- نیروهای کوتاه برد……………………………………………………………………………………………..۵۹
۳-۶- محاسبه نیروهای بلند برد……………………………………………………………………………………۶۰
۳-۷- سازماندهی شبیه سازی………………………………………………………………………………………۶۰
۳-۷-۱- شرایط حالت………………………………………………………………………………………………..۶۰
۳-۸- شرایط مرزی……………………………………………………………………………………………………۶۱
۳-۹- سازماندهی شبیه سازی……………………………………………………………………………………..۶۱
۳-۹-۱- مرحله آغازین………………………………………………………………………………………………۶۱
۳-۹-۲- مقدمات………………………………………………………………………………………………………۶۱
۳-۹-۳- شرایط اولیه برای اتمها………………………………………………………………………………….۶۲
(( اینجا فقط تکه ای از متن درج شده است. برای خرید متن کامل فایل پایان نامه با فرمت ورد می توانید به سایت feko.ir مراجعه نمایید و کلمه کلیدی مورد نظرتان را جستجو نمایید. ))
۳-۱۰- تعادل……………………………………………………………………………………………………………۶۲
۳-۱۱- تولید…………………………………………………………………………………………………………….۶۴
۳-۱۲- ارزیابی قابل اطمینان بودن نتایج……………………………………………………………………….۶۴
۳-۱۲-۱- تعادل………………………………………………………………………………………………………..۶۴
۳-۱۲-۲- بررسی قوانین بقا……………………………………………………………………………………….۶۴
۳-۱۲-۳- بررسی مقادیر خواص مختلف…………………………………………………………………….۶۵
فصل چهارم: معرفی پتانسیل ها و نرم افزارهای بکار رفته
۴-۱- پتانسیل ترسوف…………………………………………………………………………………………….۶۷
۴-۲- پتانسیل لنارد-جونز……………………………………………………………………………………….۶۸
۴-۳- میدان نیروی چارم…………………………………………………………………………………………۷۰
۴-۴- ویژگیها و قابلیت‌های برنامه لمپس…………………………………………………………………….۷۱
۴-۵- نرم افزار پکمول……………………………………………………………………………………………۷۲
فصل پنجم: شبیه سازی و نتایج
۵-۱- مقدمه………………………………………………………………………………………………………….۷۵
۵-۲- شروع شبیه سازی…………………………………………………………………………………………۷۵
۵-۳- نتایج شبیه سازی…………………………………………………………………………………………..۷۸
۵-۳-۱- نوسانات دما بر حسب زمان شبیه سازی………………………………………………………۷۹
۵-۳-۲- نوسانات فشار حول مقدار متوسط یک اتمسفر…………………………………………….۸۱
۵-۳-۳- نوسانات چگالی سیستم در طول زمان شبیه سازی………………………………………..۸۲
۵-۳-۴- تغییرات شعاع ژیراسیون پروتئین………………………………………………………………..۸۳
۵-۳-۵- بررسی انرژی واندروالسی……………………………………………………………………………..۸۶
۵-۳-۶- فاصله پروتئین و گرافن بر حسب زمان…………………………………………………………..۸۸
۵-۳-۷- تغییرات فاصله اسیدآمینه ها و گرافن بر حسب زمان………………………………………..۸۹
۵-۳-۸- بررسی حرکت پروتئین بر روی سطح گرافن…………………………………………………..۹۱
۵-۴- نتیجه گیری…………………………………………………………………………………………………….۹۲
فهرست منابع…………………………………………………………………………………………………………..۹۴
چکیده انگلیسی……………………………………………………………………………………………………….۹۷
فهرست شکل ها
عنوان صفحه
